Rome, pendant la persécution des chrétiens. Marcus, jeune consul, s'est converti au christianisme et a fui la ville. Livia, sa mère, se rend chez Néron pour demander sa grâce. Elle est jetée en prison et condamnée à la crucifixion.
Accusé de meurtre, Le Caravage a fui Rome et s’est réfugié à Naples. Le Pape décide alors de faire mener par un inquisiteur, l’Ombre, une enquête sur le peintre dont l’art est jugé subversif et contraire à la morale de l’Église.
Assise, en Italie, début du XIIIe siècle. Le jeune François défend sa ville contre Pérouse. À son retour, il a changé : il s'ouvre à l'amour de Dieu à travers la nature et son prochain.