En 1880, une île de Chiloé au large du Chili. Rosa, une jeune fille indigène, se tourne vers la sorcellerie afin de venger la mort de son père, tué par des colons.
Espagne, 1944. Carmen, s'installe avec sa fille Ofélia chez son nouvel époux, le très autoritaire Vidal, capitaine de l'armée franquiste. La jeune fille découvre alors près de la maison familiale un mystérieux labyrinthe. Pan, le gardien des lieux, va lui révéler qu'elle n'est autre que la princesse disparue d'un royaume enchanté mais trois terribles épreuves la séparent de la vérité...