Juste après son divorce, Helen emmène ses trois enfants dans la maison de son grand-oncle Arthur Spiderwick. Là, Jared découvre un grimoire rédigé par Arthur. En le lisant, les enfants ouvrent une porte vers un monde fantastique et dangereux...
Élevée par sa mère célibataire, Wendy s'étiole dans un quotidien dénué de magie. Un soir, la fillette part à l'aventure en sautant dans un train en marche avec ses deux petits frères, les jumeaux James et Douglas...