Bill Lee, ex-junkie, recyclé dans l'extermination des cafards, tue sa femme accidentellement après l'avoir surprise faisant l'amour avec leurs deux meilleurs amis.
Les Machines préparent leur assaut contre Zion, dernier bastion de l'humanité. À l'intérieur de la forteresse, la résistance s'organise, mobilisant tout le monde. Pendant ce temps, dans le monde virtuel, l'agent Smith s'attaque à l'Oracle...
Oscar et sa sœur Linda habitent Tokyo. Oscar survit de petits deals de drogue, Linda est stripteaseuse dans une boite de nuit. Un soir, lors d'une descente de police, Oscar est touché par une balle. Tandis qu'il agonise, son esprit, fidèle à la promesse faite à sa sœur de ne jamais l'abandonner, refuse de quitter le monde des vivants...