Sano est de retour à lzu, sur le littoral japonais. Il est en quête d'un signe, d'une trace, de quelque chose qui pourrait attester d'un événement survenu ici, en réincarner le souvenir.
En quête de ses racines, Sachiko rend visite à sa famille japonaise installée à Sumatra. Tout le monde ici essaie de se reconstruire après le tsunami qui a ravagé l’île il y a dix ans. À son arrivée, elle apprend qu'un homme a été retrouvé sur la plage...
À la suite du divorce de ses parents, Rikako, lycéenne originaire de Tokyo, suit à regret sa mère, qui va s'installer à Kōchi, une ville située sur l'île de Shikoku. C'est le milieu de l'année scolaire, et l'adolescente peine à s'intégrer.
Sur l’île d’Amami, les habitants vivent en harmonie avec la nature, ils pensent qu’un dieu habite chaque arbre, chaque pierre et chaque plante. Un soir d'été, Kaito découvre le corps d’un homme flottant dans la mer, sa jeune amie Kyoko va l’aider à percer ce mystère. Ensemble, ils apprennent à devenir adultes et découvrent les cycles de la vie, de la mort et de l’amour...
Ito, lycéen rêveur, est secrètement amoureux de son meilleur ami, le beau Yoshida. Quand Aihara, la rebelle de la classe, devient leur amie, elle pousse Ito à révéler ses sentiments. Devenus inséparables, ils forment bientôt un étrange trio romantique...