1882. Près de la frontière russe, David Hersko et ses compagnons, juifs ou chrétiens orthodoxes, sont accusés d'avoir été soudoyés par les Juifs de Tiszaeszlar pour travestir un meurtre. Ils vont être chacun torturés jusqu'aux aveux.
En 1943. Yves et Marc Toledano, résistants, sont arrêtés par les nazis, torturés puis jetés dans un cachot. Souffrants, ils voient arriver un frère franciscain, qui soigne leurs blessures et leur prodigue des paroles réconfortantes...
En 1431 débute le procès de Jeanne, devant un tribunal ecclésiastique au service de l'occupant anglais. Enchaînée, avec une simplicité désarmante, elle explique ses gestes devant une foule qui a décidé de la condamner avant même le début de son jugement.
Le repas familial d'un écrivain catholique, Raoul Mons, est interrompu par une délégation de la ville qui veut faire interdire une pièce de théâtre blasphématoire. Peu de temps après, il est retrouvé mort. L'inspecteur Lavardin est dépêché sur place...
Un jeune prêtre tient le journal de son quotidien difficile dans le village où il a été nommé... Une rigoureuse transposition du célèbre roman de Georges Bernanos. Le cinéaste y met en place sa méthode de travail avec les acteurs, qu'il considèrera désormais comme des "modèles". Truffaut évoqua la force du film en le décrivant comme « aussi vrai qu’une poignée de terre ».