Dans une société dévastée par une guerre engagée par un gouvernement totalitaire, Theo sort tous les soirs clandestinement afin de dessiner sur les murs son idée de la liberté. Un soir, il rencontre Elia, une jeune fille qui dessine aussi.
André Polonski, pianiste virtuose, et Mika Muller, PDGère des chocolats Muller, se remarient à Lausanne après une première et très brève union des années auparavant. André avait alors épousé Lisbeth dont il a eu un fils, Guillaume. Le jour de l'anniversaire de ses 6 ans, alors qu'ils étaient de passage en Suisse chez Mika, Lisbeth est décédée dans un accident de voiture.
Années 70. Antoine, Barbara et Aurélien sont trois amis d'enfance qui décident de monter leur propre compagnie de théâtre afin que leurs spectacles puissent venir en aide aux réfugiés chiliens. Mais au milieu de ce triangle amical, surgit Jeanne, une jeune femme mystérieuse qui deviendra l'actrice vedette de la troupe et par la même occasion, la maitresse d'Antoine, puis d'Aurélien...
Marielle est transparent, Villeret boit, Delon a la nostalgie de ses aînés... Trente acteurs, dans leur propre rôle, plongent dans leur mise en abyme.
Entre journal intime et drame baroque, "Leçons de ténèbres" reconstitue par fragments un voyage fatal placé sous le signe du Caravage. Utrecht, Naples, Rome... trois villes et deux histoires d'amour guident l'itinéraire nocturne d'un homosexuel à la recherche de la beauté perdue.