Ses tantes Loleh et Yannick Bellon sont un autre parrainage heureux. Rémi Waterhouse, passionné de cinéma, commence à signer les dialogues de La Triche , que Yannick Bellon signe en 1984. Il enchaine pour elle avec les scénario de Les Enfants du désordre (1989) et de L’Affût (1992), et collabore avec René Féret pour L’Homme qui n’était pas là, 1987).

Il écrit ensuite avec celui qui restera son fidèle coscénariste, Eric Vicaud, le scénario de Ridicule. Rémi Waterhouse espérait le mettre en scène mais Patrice Leconte lui est préféré. Le film obtient un très grand succès et quatre César et la société de production Epithète Films — Gilles Legrand et Frédéric Brillion —  accompagne alors ses premiers pas de réalisateur :  Je règle mon pas sur le pas de mon père réunit Jean Yanne et Guillaume Canet. 

Rémi Waterhouse ne réalisera qu'un deuxième long métrage, Mille millièmes, produit par Magouric Productions, avec Jean-Pierre Darroussin et Patrick Chesnais. 

Il écrit ensuite pour la télévision des adaptations de Manon Lascaut (2013, réalisé par Gabriel Aghion) et de La Marquise des ombres pour Anne Parillaud (2011, réalisé par Edouard Niermans).