Né en 1960, Jafar Panahi fait des études à l’Université de Cinéma et Télévision à Téhéran. Après avoir réalisé plusieurs courts métrages, documentaires et téléfilms, il devient l’assistant d’Abbas Kiarostami sur le tournage d’Au travers des oliviers (1994).

En 1995, il réalise son premier long-métrage, Le Ballon blanc, dont le scénario est co-écrit avec Abbas Kiarostami. Sélectionné à la Quinzaine des Réalisateurs à Cannes, le film remporte la Caméra d’Or.

Il enchaîne avec Le Miroir qui est présenté en compétition au festival de Locarno en 1997 et repart avec le Léopard d’Or. Trois ans plus tard, il crée l’événement au festival de Venise avec Le Cercle qui obtient le Lion d’Or et le prix Fipresci. Questionnant sans fard la condition de la femme en Iran à travers une série de portraits qui bouleversent les spectateurs du monde entier, le film est néanmoins banni des salles dans son propre pays.

Jafar Panahi revient en sélection officielle à Cannes en 2003 avec Sang et or. Le film remporte le Prix du Jury, et est tout d'abord choisi pour représenter l’Iran à l’Oscar du meilleur film en langue étrangère, avant que les autorités empêchent ainsi son exploitation dans les cinémas iraniens. Jafar Panahi décide de parler à nouveau de la condition de la femme dans son pays avec Hors jeu. Présenté au festival de Berlin en 2006 où il est distingué par l’Ours d’Argent du meilleur réalisateur, le film raconte l’histoire de jeunes iraniennes qui bravent les interdits pour assister clandestinement à un match de football. Le film n’est pas non plus autorisé à sortir en Iran.

En juillet 2009, Jafar Panahi est arrêté une première fois après qu’il ait assisté à une cérémonie en la mémoire d’une jeune manifestante tuée au cours des manifestations qui ont suivi la réélection controversée du président Mahmoud Ahmadinejad. Quelques mois plus tard, il se voit refuser son visa pour aller au festival de Berlin. Il est arrêté une seconde fois le 1er mars 2010. Il passe 86 jours à la prison d’Evin avant d’être libéré sous caution le 25 mai. Invité comme juré à Cannes, son fauteuil reste symboliquement vide pendant toute la durée du festival. Il est soutenu par de nombreux artistes et cinéastes à travers le monde. En 2010, Jafar Panahi est condamné à ne plus réaliser de films, écrire de scénarios, donner d’entretiens à la presse et sortir de son pays pour une durée indéterminée, sous peine de 20 ans d’emprisonnement par interdit bravé soit une peine potentielle totale de 80 ans. Sa condamnation est confirmée en appel à l’automne 2011.

Malgré ces interdictions, il coréalise Ceci n'est pas un film avec l’aide de Mojtaba Mirtahmasb. Le film est tourné dans son propre appartement et décrit son quotidien d’artiste et d’homme empêché de travailler. Ceci n'est pas un film est présenté hors compétition au Festival de Cannes 2011.

Dans la foulée, il coréalise clandestinement, avec Kambuzia Partovi, un nouveau film intitulé Pardé. Celui-ci lui vaut l’Ours d’Argent pour son scénario au festival de Berlin en 2013.

En 2015, Jafar Panahi dévoile Taxi Téhéran au festival de Berlin. Il s’agit du premier film qu’il tourne seul et en extérieur depuis 2010.