En 1989 il dirige son premier court-métrage Déportation, primé notamment au Festival de Cracovie. Puis il s’oriente vers le documentaire, s’attachant à choisir des sujets liés à la situation de son pays. Son court-métrage The Reconstruction remporte en 1994 le Prix du meilleur documentaire de l’Institut du Film Israélien. En 1997 il réalise son premier long-métrage, Comment j’ai appris à surmonter ma peur et à aimer Ariel Sharon, qui lui permet notamment de fustiger la droite israélienne à travers son premier représentant.

Son oeuvre évolue vers des films de plus en plus engagés, qui oscillent entre fiction et réalisme. Pour sa façon de se mettre lui-même en scène, il est souvent comparé par la critique à l’Italien Nanni Moretti. C’est particulièrement le cas de Happy Birthday Mr Mograbi, tourné en 1999, porteur d’une vision sans concession de l’armée israélienne.

Août (avant l’explosion) est son troisième long métrage. Il prend le symbole d’un mois à la chaleur étouffante pour dépeindre les tensions qui dévorent sans cesse son pays. Le film a reçu le Prix du film pour la paix au Festival de Berlin 2002. Il s’interroge à nouveau sur le conflit en 2005 avec Pour un seul de mes deux yeux. En 2008, il réalise le documentaire Z32 qui raconte l’histoire d’un ex-soldat israélien qui cherche à obtenir le pardon après avoir participé à une mission de représailles dans laquelle deux policiers palestiniens ont été tués.